harutamaの日記

失業中の理系研究者のブログ

【新型コロナ】実効再生産数Rtをエクセルで計算してみた(WHOお墨付き!?)(2)

 昨日の続きです(ただし、使用するデータを2020/02/27-09/26に更新しました)。

WHOお墨付きのEpiEstimのexl版で出力したデータをエクセル上で加工します。

harutama.hateblo.jp

 

(1) 新しいエクセルシートにEpiEstimのOutput2 R estimatesタブからRのmeanの計算値をコピーし、Time periodの値に気をつけて、対応する年月日を貼り付ける。

(2) こんなグラフが簡単に描ける。

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EpiEstimのOutput2 R estimatesタブ

(2) こんなグラフが簡単に描ける。

f:id:HARUTAMA:20200928125741p:plain

実効再生産数Rt

(3) 左右の0.05quantileと0.95quantaileも使ってあげると、もっとカッコイイ(?) 

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実効再生産数Rt(median and 95%Crl)

【参考文献】

WHO(2020) Public health criteria to adjust public health and social measures in the context of COVID-19

Anne Cori(2013) A New Framework and Software to Estimate Time-Varying Reproduction Numbers During Epidemics